정부는 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택에 대한 양도소득세 중과 유예 기한을 당초 발표대로 2026년 5월 9일로 하되, 매도 의사가 있는 다주택자가 토지거래허가 심사 절차로 인해 불편을 겪지 않도록 매매계약 체결분뿐만 아니라 토지거래허가 신청분까지 양도소득세 중과 적용을 배제하는 보완방안을 마련하였다. [국토교통부 보도자료, "다주택자에 대한 양도소득세 중과 유예 종료 적용 보완 추진", 2026.4.9]
최근 토지거래허가 신청 증가 및 지역별 토지거래허가 처리 속도 차이, 시･군･구청의 토지거래허가 심사 소요기간(15영업일) 등 감안시, 4월 중순 이후에는 매수자를 구하여 토지거래허가 신청을 하더라도 5월초까지 허가 여부가 불확실한 상황이다. 이에 재정경제부, 국토교통부, 금융위원회 등 관계부처는 양도소득세 중과 유예 종료 보완방안을 마련하여 토지거래허가 심사 절차에 따른 불확실성 없이 최대한 매도 가능한 기회를 부여할 계획이다.
다주택자가 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 시･군･구청에 신청하는 경우, 토지거래허가를 받고 매매계약을 체결한 후 기존 조정대상지역(서울시 강남구･서초구･송파구 및 용산구) 주택을 계약일부터 4개월 내(2026년 9월 9일까지로 한정), 2025년 10월 16일 신규 지정된 조정대상지역 주택을 계약일부터 6개월 내(2026년 11월 9일까지로 한정) 양도해야 양도소득세가 중과되지 않는다.
한편, 토지거래허가구역에서 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우 2026년 5월 9일까지 시･군･구청에 토지거래허가를 신청하면 토지거래허가제도에 따른 매수자의 실거주 의무*와 주택담보대출 실행시 전입신고 의무**가 유예된다. [ * ‘26.2.12. 기준 체결된 임대차계약상 최초계약종료일까지 유예(’28.2.12.까지 가능) / ** 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 중 더 늦은 시점까지 유예]
재정경제부와 국토교통부는 양도소득세 중과 유예 종료에 대한 보완방안 마련을 위해 「소득세법 시행령」 및 「부동산거래신고법 시행령」 개정안을 입법예고(’26.4.10.~4.17.)할 예정이며, 국무회의 심의 등을 거쳐 2026년 4월 내 공포·시행을 목표로 추진할 예정이다.
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